Oddział Morski IMGW w Gdyni działa na terenie następujących zlewni - zlewnia Wisły od profilu Nieszawa (łącznie z profilem Nieszawa) do ujścia do Bałtyku, zlewnia Narwi do profilu Zambski Kościelne (łącznie z profilem Zambski Kościelne), zlewnia Odry od profilu Gryfino do ujścia do Bałtyku, zlewnie rzek wpadających do Zatoki Gdańskiej i do Zalewu Wiślanego, zlewnie rzek Przymorza, leżące w granicach Polski zlewnie dopływów Pregoły i Niemna oraz na polskich wodach terytorialnych na Bałtyku.

Oddział Morski w Gdyni prowadzi osłonę hydrologiczną na terenie ujściowego odcinka Wisły od profilu Nieszawa, zlewni Narwi po profil Zambski Kościelne, ujściowego odcinka Odry od profilu Gryfino, zlewni rzek Przymorza, zlewni Pregoły i Niemna w granicach Polski oraz polskich wód terytorialnych na Bałtyku.

Oddział Morski IMGW w Gdyni jest jednostką specjalizującą się w zakresie prac naukowo-badawczych zdziedziny meteorologii, klimatologii morskiej i polarnej, hydrologii, wybranych zagadnień inżynierii wodnej oraz ochrony środowiska. Pracownicy Oddziału Morskiego dysponują niezbędnym doświadczeniem i specjalistycznym sprzętem pomiarowo-obserwacyjnym oraz mają do dyspozycji bogate zasoby danych archiwalnych.